フルートのキーシステムには、通常指で押さえるキー（５ケ所）に穴があいているもの（オープンキー式またはフレンチスタイル）と、塞がっているもの（カバードキー式）とあります。

私の個人的見解として、初めてフルートを始める方には、できるだけオープンキーの楽器から始めることをお勧めします。なぜならオープンキー式は指穴をきちんと押さえないと鳴りません。ということは楽器の持ち方が悪いと指とトーンホールの間に隙間ができてしまうので、自然と良い持ち方になるからです。 でも、これも良い先生につくことが前提です。

指が極端に細かったり、手自体が小さな方は無理をしないでカバード式を選んだ方が良いでしょう。

音色の違いは昔ほどの差はありません。オープンの方がやや明るい音が出ますが、カバードにはしっくりとした良さがあります。

オプションとは、本来フルートはメカニズムがシンプルなほど音色的には良いとされていますが、楽器の構造上出しにくい音や運指上で困難なトリル等を演奏する為に 有った方が良いメカが付けられており、これをオプションキーと呼びます。

例えば、現在通常使用されているフルートはGis（G#）クローズ式のベームフルートですが、これは、構造上３オクターブ目のE音とFis（F#）音、及びGis（G#）音が出しにくいという欠点が有ります。
これらの３音はそれぞれのオプションキーによって出しやすくなりますが、全部取り付けますと楽器そのものが振動しにくくなり、音色が損なわれます。
そこで一番多く吹かれるE音だけのメカを付けるケースが多く、特にカバードキー式に付ける方が多くおられます。またオープンキー式の場合は、ストレートタイプとオフセットタイプがあります。
以上をEメカニズム（Eメカ）といいます。
その他、比較的よく付けられるものだけを挙げておきます。
Cis（C#）トリルキー、G-Aトリルキー、Es-Dローラー（右手小指の滑りを良くする）、ラージGis（G#）キー（左手小指の小さい人用）等が有りますが、通常は必要有りませんので、説明を省きます。